不起诉权既是刑事诉讼法赋予检察机关的一项重要职权，又体现了我国刑法的惩罚与教育相结合的刑事政策，其行使的好坏直接关系到检察机关的威信和法律的公平正义。在目前的实际工作中存在着被滥用的现象，特别体现在对交通肇事犯罪的处理上。如某县检察机关2009年作出的20件相对不起诉案件，其中因为涉嫌交通肇事被相对不起诉的就有18件，占90%，一定程度上存在着对法律的严肃性及公民的法律认知性等方面的弊端，应引起重视。

一是不利于维护法律的严肃性及公正性。检察机关应该严格按照刑法、刑事诉讼法及相关的司法解释的规定，准确掌握、正确适用不起诉决定，避免过宽或过严倾向，然而在实际工作中对情节、事实相当的交通肇事案件，往往囿于一定的人为因素，在处理时出现大多数向法院提起公诉，而少数却作相对不起诉决定，这对当事人来说就是不公平，对法律来说就是缺乏严肃性、公正性，因而在群众心中容易出现只要有钱、有关系就能够摆平法律规定的意识，无法实现法律效果与社会效果的统一。

二是不利于体现法律的惩戒目的。交通肇事损害的是人的生命健康权和财产权，如果仅仅因为全部赔偿了被害方的损失，再有一些法定、酌定的从轻量刑的情节就将大量的交通肇事案件在检察机关作相对不诉，虽然一定程度上节约了司法资源，但不能很好地体现法律惩罚的威慑力，会造成可以以罚代刑的不良社会影响，不利于驾驶人员安全意识的提高和交通事故的减少。

三是不利于保护受害方的权利。任何一起交通肇事案件对受害方来说不仅仅是经济上的损失，更为重要的是身心及情感上的巨大创伤，虽然该类犯罪是过失犯罪，但是既然法律规定了对交通肇事犯罪行为的惩罚措施，就应该严格依照规定执行，不能因为受到外界因素的干扰而大量使用不起诉权，出现执法的随意性，使受害方的权利得不到充分主张。

四是不利于减少司法腐败。制定法律就是为了更好地依照法律去实施法律，规范人们的行为，任何一项法律都不可能穷尽生活中千变万化的实际情况，法律只能是在一定的幅度范围内的普遍性问题，因而执法者就有一定的自由裁量的空间和权利，这也给少数想利用手中权利谋私的司法人员提供了便利条件，特别是对交通肇事这一过失犯罪的处理上，只要取得了被害方的谅解经济赔偿到位，在处理上更容易出现以法律作为金钱、人情交易的筹码，办关系案、人情案的现象，一定程度上导致了司法腐败的问题。